کمیسیون آبهای زیرزمینی کمیسیونی است جهت رسیدگی به اختلافات ناشی از اجرای این قانون و قانون توزیع عادلانه آب و  نسبت به بررسی پرونده های شکایات واصله اشخاص علیه دولت اقدام می نماید. رای لازم توسط قاضی عضو کمیسیون صادر می گردد. کلیه دعاوی علیه دولت مطروحه در محاکم عمومی برای اتخاذ تصمیم به این کمیسیون احاله خواهد شد. دبیرخانه این کمیسیون در شرکت های آب منطقه ای مستقر می باشد. باید توجه داشت که تشکیل کمیسیون از وظایف  وزارت نیرو می باشد و در هر استان تشکیل می شود پس حوزه صلاحیت کمیسیون استانی می باشد. کمیسیون ۳ عضو دارد که عبارتند از:

۱-یک نفر متخصص فنی آب

۲- یک نفر متخصص فنی آب و خاک

۳- یک نفر قاضی با حکم رئیس قوه قضاییه

کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیرزمینی

وظایفی که بر عهده این کمیسیون نهاده شده، بسیار فراتر از عنوان قانون، عنوان کمیسیون، تبصره های آن و حتی روح و مفاد آن است. زیرا موضوع ماده واحده و فلسفه وضع آن در تعیین تکلیف چاه های غیرمجاز می باشد، ولی در تبثره 5 ماده واحده قانون تعیین تکلیف چاه های آب فاقد پروانه بهره برداری، رسیدگی به اختلافات ناشی از اجرای ماده واحده و نیز قانون توزیع عادلانه به این کمیسیون محول شده است. صلاحیت کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیرزمینی به شرح ذیل است:

  1. رسیدگی به اختلافات ناشی از اجرای قانون تعیین تکلیف چاه های فاقد پروانه و  قانون توزیع عادلانه آب
  2. بررسی شکایات اشخاص علیه دولت در حدود وظایف و اختیارات موضوع رسیدگی کمیسیون
  3. رسیدگی به کلیه دعاوی اشخاص علیه دولت مطروحه در محاکم عمومی که برای اتخاذ تصمیم به این کمیسیون احاله شده است.
  4. رسیدگی به اعتراض مربوط به ابطال و عدم تمدید پروانه های کمیسیون صدور پروانه ها

به استناد تبصره 1 ماده 6 آیین نامه اجرای قانون تعیین تکلیف چاه های آب فاقد پروانه، شرکت آب منطقه ای صمن نظارت به کلیه چاه های آب کشاورزی فعال، در صورت وجود تخلف مراتب را به مالک یا مالکان اعلام می نماید تا حداکثر ظرف 45 روز نسبت به رفع آن اقدام نمایند. در صورت عدم رفع تخلف توسط مالک یا مالکان در زمان مقرر یا تکرار تخلف، شرکت نسبت به ابطال پروانه بهره برداری چاه با رعایت قوانین و مقررات مربوط اقدام می نماید. در صورت اعتراض مالک یا مالکان، موضوع به کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیرزمینی برای رسیدگی و اقدام قانونی ارجاع می شود. نظر به اینکه تصمیم مربوط به ابطال و عدم تمدید پروانه توسط کمیسیون صدور پروانه ها صورت می گیرد، متقاضی می تواند به نظر کمیسیون مزبور اعتراض کند و درخواست اعتراض خود را به کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیرزمینی تقدیم نماید تا توسط کمیسیون تصمیم گیری شود و حکم مقتضی صادر گردد. در صورت محکومیت شاکی و رد شکوائیه باید انسداد چاه آب توسط متقاضی صورت پذیرد.

  1. رسیدگی به اعتراض مالکین دستگاه های حفاری در خصوص مجوز فعالیت و کارت تردد
  2. رسیدگی به اعتراض مالکان در خصوص توقیف دستگاه های حفاری متخلف

به استناد تبصره 2 ماده 12 آیین نامه اجرایی قانون تعیین تکلیف چاه های آب فاقد پروانه، رسیدگی به اعتراض مالکین دستگاه های حفاری نیز بر عهده کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیرزمینی است که البته بیشتر ناظر به تصمیماتی است که مربوط به صدور مجوز فعالیت و کارت تردد برای دستگاه های حفاری و یا احیاناً تخلفات مالکین دستگاه های مزبور در حفاری های غیرمجاز است.